जीरो वन की नव स्थापित मशीन सभ्यता पर संयुक्त राष्ट्र के हमले के बाद, दोनों गुटों के बीच वैश्विक परमाणु युद्ध पृथ्वी के नियंत्रण के लिए शुरू हुआ। रोबोट-सैनिकों की कभी न खत्म होने वाली लहरों को रोकने के लिए कई हताश करने वाली योजनाओं के बाद, मानव नेताओं ने महसूस किया कि मशीनों के जीतने की अच्छी संभावना थी। मानव नेताओं ने सियोन नामक एक पूरी तरह से भूमिगत शहर का निर्माण शुरू किया, जिसे मानव प्रजातियों के संरक्षण के उद्देश्य से बनाया गया था। जब युद्ध मशीनों के पक्ष में समाप्त हो गया, तो मानवता के अवशेष ठंड, खतरनाक और उजाड़ सतह पर जीवित रहने के लिए संघर्ष कर रहे थे। पकड़े गए बचे लोगों को कैद कर लिया गया था और नवनिर्मित बायो-इलेक्ट्रिक टावरों में डाल दिया गया था ताकि उनके दिमाग को मूकदर्शक बनाए रखा जा सके। तेईस कैदियों को "द वन" के रूप में संदर्भित एक रहस्यमय मैट्रिक्स-नियंत्रित आंकड़े से मुक्त किया गया था और अधूरा सिय्योन के लिए नेतृत्व किया, जहां उन्होंने इसे पूरा करने के लिए काम किया। पृथ्वी के कोर से भू-तापीय ऊर्जा से शहर को परिचालन और पुनर्जीवित करने के लिए तकनीकी उपयोग करने के बाद, एक ने मनुष्य को युद्ध के प्रयास को जारी रखने और बनाए रखने और मैट्रिक्स के अंदर और बाहर लड़ने के लिए सिखाया। वन की मृत्यु के बाद, मनुष्यों ने अपने दम पर जीवित रहना सीखा और मशीनों के खिलाफ सिय्योन से आंशिक-गुरिल्ला युद्ध शुरू कर दिया, और साथ ही साथ मैट्रिक्स की आबादी को उनके आभासी "जेल" से मुक्त करने की कोशिश की।

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