इस समय पाई जाने वाली जीवित गिलहरियों को 5 उप परिवारों में बांटा गया है, जिसमे लगभग 50 वर्ग व् 280 प्रजातियाँ हैं। गिलहरी का सर्वाधिक पूर्ण जीवाश्म, हेसपेरोपीट्स, चाडरोनियन (प्राचीन इयोसीन, लगभग 35-40 मिलियन वर्ष पूर्व) के समय का है और आधुनिक उड़न गिलहरियों के सामान है।

नवीनतम इयोसीन से मायोसीन के दौरान, अनेकों ऐसी गिलहरियाँ थी जिन्हें आज की किसी भी जीवित प्रजाति के वंश के अंतर्गत नहीं रखा जा सकता. कम से कम इनमे से कुछ संभवतः प्राचीनतम, बेसेल,"प्रोटो- गिलहरियाँ" का ही एक प्रकार थी, (आशय यह है कि इसमें जीवित गिलहरियों की संपूर्ण श्रृंखला से स्वसमक्रितिकता का अभाव था). इस प्रकार के प्राचीन व् पैतृक वितरण व् भिन्नता से यही संकेत मिलता है कि एक समूह के रूप में गिलहरियों का आरम्भ उत्तरी अमेरिका से हुआ था।

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